Il termine tossina in medicina indica il veleno organico di origine batterica, che, se presente nell'organismo, provoca conseguenze spesso gravi.

Certe tossine possono addirittura provocare la morte dei tessuti (quelle prodotte dagli agenti della gangrena gassosa per esempio); altre agiscono di preferenza sui centri nervosi (le tossine del tetano); nel botulismo, la tossina prodotta dal Clostridium botulinum è presente nei cibi avariati, la cui ingestione provoca disturbi molto gravi.

Il naturale meccanismo di difesa dell'organismo contro le tossine consiste nella produzione di anticorpi nell'organismo. Per questo si utilizzano tali iniezioni contro la difterite e il tetano. In caso di urgenza, si possono anche iniettare direttamente gli anticorpi estratti da un animale vaccinato (sieroterapia).

Possiamo ricordare le più pericolose tossine per l'organismo vivente, tra cui: le micotossine, la tossina ofidica, quella batterica, la tossina colerica, la tossina difterica, la tossina della pertosse, quella botulinica che abbiamo citato, la tossina tetanica, la tossina streptococcica e la tossina stafilococcica.

Il sistema in cui agiscono le tossine sull'organismo sono differenti e principalmente sono tre: il neurotossico ovvero quando agiscono sul neurone o sulle sinapsi determinando paralisi o provocando effetti convulsivi. Emotossico quando invece agiscono nel sangue determinando la distruzione dei globuli rossi o alterando il sistema di coagulazione del sangue, oppure citotossico quando invece l'azione è rivolta direttamente alla cellula.